Après sa mort, le 13 avril 1320, la dépouille de Marguerite fut déplacée, en présence d’une grande foule et de Frères Prêcheurs, à l’église de la Charité. La jeune fille était en effet connue pour sa conduite exemplaire et son charisme, et déjà de son vivant, les habitants de Città di Castello la vénérait comme une sainte. C’est pourquoi les citoyens demandèrent spontanément qu’elle soit enterrée dans l’église. Un moment d’émotion collective particulièrement intense se produisit lorsque le corps, comme il est d’usage dans ces situations, fut préparé pour l’embaumement avec des arômes parfumés. Par la suite, les frères décidèrent de placer le cœur dans un petit tabernacle doré dans la sacristie afin qu’il reste exposé à la vénération du public. C’est alors qu’en creusant une veine, on trouva trois petites pierres dans lesquelles étaient gravées les images de Jésus, Marie et Joseph, les membres de la Sainte Famille, qui n’avaient jamais abandonné la petite orpheline.

Avant même que l’Église ne la reconnaisse officiellement, Marguerite a été acclamée comme une sainte par le peuple. L’hagiographie de la bienheureuse du Tifernate s’inscrit dans un phénomène plus vaste qui a touché de nombreuses villes du centre de l’Italie à la fin du Moyen Âge, où l’on assista à une importante augmentation du nombre de saints, d’hommes comme de femmes, souvent issus du monde laïc et aussi des classes populaires de la société urbaine. Marguerite fut sainte patronne de la ville, au  sens le plus ancien et le plus profond de ce terme. Dans cette optique, on peut également comprendre les valeurs et éléments classiques de la sacralité, comme le pouvoir thaumaturgique, l’incorruptibilité du corps, l’épanouissement immédiat et spontané des miracles autour de la tombe. Comme pour les autres cultes liés à une cité de la fin du Moyen Âge, la dévotion populaire spontanée pour la bienheureuse était secondée par les magistrats municipaux, qui fournirent des fonds publics pour l’embaumement du corps et la célébration des funérailles. Par la suite, le culte de la sainte se fixa et les arrêtés municipaux prévoyèrent la participation régulière des autorités et les dons de cadeaux le jour de sa fête. Certains documents montrent qu’à la fin du XIVe siècle, la dévotion envers Marguerite n’avait pas faibli et grâce aussi aux remarquables donations qui lui ont été faits, les Frères Prêcheurs purent construire la grande basilique Saint Dominique, l’église dans laquelle la dépouille mortelle de la bienheureuse a été transférée en 1424.

La première reconnaissance officielle du culte par le Siège Apostolique eut lieu au début du XVIIe siècle. Le 19 octobre 1609, le pape Paul V accorde à Città di Castello la faculté de célébrer la fête de la Bienheureuse avec un office et une messe. Cette mesure fut prise sur la base des résultats de l’enquête d’une commission présidée par le cardinal Robert Bellarmin. Le mois suivant, le pontife, avec l’avis favorable de la Sacrée Congrégation des Rites, autorisa l’Ordre des Prêcheurs à utiliser trois lectures, déjà agréées par le cardinal, dans l’office liturgique du jour de la mort de la Bienheureuse. En 1675, le pape Clément X, se conformant à la demande du Maître de l’Ordre, Fr. Tommaso Rocabertì, autorisa la Messe et l’Office dans toutes les églises de l’Ordre. Trois ans plus tard, son successeur Clément XI étendit cette concession aux diocèses d’Urbania et de S. Angelo in Vado.

Le 19 janvier 1987, à l’occasion du septième centenaire de sa naissance, la demande fut transmise par les membres de la Conférence épiscopale d’Ombrie, tandis que l’année suivante, les évêques de Città di Castello et Urbino-Urbania-Sant’Angelo in Vado demandèrent à la Congrégation pour le Culte Divin de confirmer le titre de Marguerite en tant que “Patronne des non-voyants et des exclus”. Mais un fait important doit être souligné. Ces initiatives, lancées dans les lieux traditionnellement impliqués dans le culte, sont désormais également soutenues par un nouveau grand pôle de dévotion, celui des Etats-Unis, où une campagne de promotion pour la canonisation de Marguerite a été lancée. Ce mouvement de catholiques lié à la spiritualité dominicaine a trouvé un point d’ancrage chez les évêques américains, qui ont adressé des lettres postulatoires au pape Jean-Paul II pour l’ouverture de la cause. Enfin, en 2018, après la conclusion de l’enquête diocésaine (le 25 septembre 2004, qui a produit six volumes, ayant obtenu reconnaissance et sceau de l’enquête sur le culte, les miracles et la réputation de sainteté de la bienheureuse Marguerite de Città di Castello), le Saint-Père, le Pape François, à la demande du Maître de l’Ordre, le frère Gérard F. Timoner III, du Cardinal Gualtiero Bassetti et des évêques Domenico Cancian, Giovanni Tani et Renato Boccardo, a donné son accord pour la canonisation équipollente.